例えば、

user というテーブルは company という所属会社の情報を関連として持っている。
GraphQL の query からは、引数に所属会社名も含めて検索したい。
みたいなケース。

想定する input (query) は以下のような感じ。

クエリ

query users ($input: UserWhereManyInput) {
  users (input: $input) {
    id
    name
    company {
      id
      name
    }
  }
}

引数

{
  "companyName": "テスト株式会社"
}

これを実現します。

Query.ts

import { arg, list, queryType } from "@nexus/schema";
import { User } from "./path/to/model";

export const Query = queryType({
  definition(t) {
    t.field("users", {
      type: list(User),
      args: {
        input: arg({
          type: "UserWhereManyInput",
        }),
      },
      async resolve(_, args, context) {
        const id = args.input?.id;
        const companyName = args.input?.companyName;

        const user = await context.prisma.user.findMany({
          where: {
            id,
            // company.name から検索
            company: {
              name: {
                contains: companyName,
              },
            },
          },
        });

        return user;
      },
    });
  },
});

Prisma の検索系メソッドの引数のオプションを、上記のようにネスト表現することで関連テーブルの Where 検索もできるようです。
Nexus の context には Prisma が注入されていることを前提としています。

ちなみに UserWhereManyInput は以下のようなイメージ。
引数は平で受け取らずにちゃんと型をつくっておくと後々嬉しいことが多い気がするのでオススメです。

UserWhereManyInput.ts

import { inputObjectType } from "@nexus/schema";

export const UserWhereManyInput = inputObjectType({
  name: "UserWhereManyInput",
  definition(t) {
    t.nullable.int("id");
    t.nullable.string("companyName");
  },
});

これでいけると思います。