前回の改良版です。

いろいろとアドバイスを貰ったのでそれを元に修正しました。
地道に投稿し続けた甲斐がありました！
ありがとうございます。
使ってみようと思われた方はこちらからどうぞ！

せっかくなので、貰ったアドバイスを反映するために、勉強も兼ねて２つ作ってみました。

改良版1 linuxっぽい書き方に

改良点

多重起動を考慮し中間ファイルにユニークな名前を設定
処理終了時に中間ファイルを削除
空ファイルの作り方
パイプの有効活用

ユニークな名前を設定するために、mktempを使うといいともきいたのですが、入っていない環境もあるとのことだったので、今回は利用を見送りました。

改良版2 中間ファイルを使わないようにする方法

改良点

中間ファイルを作成しないよう修正
(改良版1のいいところを取り込み)

改良版1

# ! /bin/bash
# 引数としてコミットの ハッシュ HEAD HEAD^ 等のmergeコミットを一つ入力
# automergeが起きたファイルを全て表示

# 入力されたコミットの親の数を確認
PearentNum=$(echo $(git log $1 -1 --pretty=format:"%P" | wc -w))

# 中間ファイル名の設定
TEMP_DIR="/tmp/merged.$$"
mkdir -p $TEMP_DIR
TEMP_MERGED="$TEMP_DIR/merged.$$"
TEMP_AUTOMERGED="$TEMP_DIR/automerged.$$"

# 終了時に中間ファイルを削除するよう設定
trap 'rm -r ${TEMP_DIR}' 0

# merge commitかチェック
if [ $PearentNum -gt 1 ] ; then
	#親が2以上(merge commitの場合)
	#入力されたコミットとその親との差分が存在するファイル名からmergeが行われたファイルを列挙

	#同名ファイルが万が一存在した時のために $TEMP_MERGED を初期化
	cp /dev/null $TEMP_MERGED

	#親の数だけループ
	i=1
	for Pearent in $(git log $1 -1 --pretty=format:"%P")
	do
		#一応親のハッシュを出力しておく
		echo "Pearent $i : $Pearent"
		git diff --name-only $1 $Pearent >> $TEMP_MERGED
		i=$(expr $i + 1)
	done

	#mergeされたファイルをソートし、重複ファイルを抽出
	sort $TEMP_MERGED | uniq --repeated > $TEMP_AUTOMERGED
	
	#重複しているファイルがあれば出力
	if [ -s $TEMP_AUTOMERGED ] ; then
		echo " *automerged file name"
		cat $TEMP_AUTOMERGED
	else
		echo "no automerge"
	fi

else
	#親が2以上いないなら入力されたハッシュを出力して処理を終了
	echo "$(git log $1 -1 --pretty=format:"%H") is not Merge　Commit"
fi

改良版2

# ! /bin/bash
# 引数としてコミットの ハッシュ HEAD HEAD^ 等のmergeコミットを一つ入力
# automergeが起きたファイルを全て表示

# 入力されたコミットの親の数を確認
PearentNum=$(echo $(git log $1 -1 --pretty=format:"%P" | wc -w))

# merge commitかチェック
if [ $PearentNum -gt 1 ] ; then
	#親が2以上(merge commitの場合)
	#入力されたコミットとその親との差分が存在するファイル名からmergeが行われたファイルを列挙

	#マージが行われたファイル名一覧用変数の初期化
	MergedFiles=""

	#親の数だけループ
	i=1
	for Pearent in $(git log $1 -1 --pretty=format:"%P")
	do
		#一応親のハッシュを出力しておく
		echo "Pearent $i : $Pearent"

		MergedFiles=$(echo -e "$(git diff --name-only $1 $Pearent)\n${MergedFiles}")
		i=$(expr $i + 1)
	done

	#空行削除後、mergeされたファイル名をソートし、重複ファイルを抽出
	AutoMerged=$(echo "$MergedFiles" | grep -v "^$" | sort | uniq --repeated)
	
	#重複しているファイルがあれば出力
	if [ -n "$AutoMerged" ] ; then
		echo " *AutoMerged filenames..."
		echo "$AutoMerged"
	else
		echo "no automerge"
	fi

else
	#親が2以上いないなら入力されたハッシュを出力して処理を終了
	echo "$(git log $1 -1 --pretty=format:"%H") is not Merge　Commit"
fi