なにがおきたか

しばらく触っていなかったgithub上のプロジェクトのlocal repositoryを、masterの最新にしようとして

$ git checkout master
$ git pull
$ git status

すると

On branch {branch_name}
Changes not staged for commit:
  (use "git add/rm <file>..." to update what will be committed)
  (use "git checkout -- <file>..." to discard changes in working directory)

	deleted:    {the_file_in_trouble}

no changes added to commit (use "git add" and/or "git commit -a")

と。
あれ？ masterブランチでなんか作業しちゃったかなー？

$ git reset --hard origin/master

remoteのmasterに強制一致コマンドを実施。

$ git status
On branch {branch_name}
Changes not staged for commit:
  (use "git add <file>..." to update what will be committed)
  (use "git checkout -- <file>..." to discard changes in working directory)

	modified:   {the_file_in_trouble}

no changes added to commit (use "git add" and/or "git commit -a")

???
今合わせたよね？
しばらくしてもう一度やってみると

$ git status
On branch {branch_name}
Changes not staged for commit:
  (use "git add/rm <file>..." to update what will be committed)
  (use "git checkout -- <file>..." to discard changes in working directory)

	deleted:    {the_file_in_trouble}

no changes added to commit (use "git add" and/or "git commit -a")

あれ、modified から deletedになっている。
かくなる上は、一旦全リセット。
※localの変更全部消えるので実行注意

$ cd ..
$ rm -rf {repository_name}
$ git clone {clone_with_ssh_uri}

よし、全部キレイになったはず。

$ cd {repository_name}
$ git status
On branch {branch_name}
Changes not staged for commit:
  (use "git add/rm <file>..." to update what will be committed)
  (use "git checkout -- <file>..." to discard changes in working directory)

	deleted:    {the_file_in_trouble}

no changes added to commit (use "git add" and/or "git commit -a")

のおーー？リセットしたのに何か履歴が残ってるの？

その後、gitのglobal設定(~/.gitconfig, ~/.gitignore_global)などを確認してみるも、怪しい設定なし。

あやしいせん

git ゾンビ git rm できない git clone 履歴が残る などでぐぐってみる。
こんな記事が見つかった。

sigwin / git clone 直後にmodified 状態となるのを対策する

この記事によると、ファイルシステムの大文字小文字を区別するかしないか、の設定が原因になることがあるらしい。
他の開発者が大文字小文字を区別する環境で、同じ名前のファイルをコミットすると発生するようだ。
自分の開発環境がまさに「Mac OS 拡張 (ジャーナリング)」（大文字小文字区別しない）で、他の開発者が皆 Ubuntu/CentOS on Windows だったので、条件にぴったり一致していそう。
記載してある手順で大文字小文字を区別するイメージを作成・マウントし、そこに git clone してみた。

$ cd /Volume/GitData
$ git clone {clone_with_ssh_uri}

よし

$ cd {repository_name}
$ git status
  ~略~
	deleted:    {the_file_in_trouble}
  ~略~

あれ、なおらない。。。

真の原因と対策

何度もトライしているうちに、あることに気づいた。
いつも「あなたのPCは守られているわ！」とか「サーバーへの接続に失敗しました」とちらちら画面右上あたりでNotificationを飛ばしてくる、ウイルスソフト、
なんかいつもと違うこと言ってる気がする・・・！

疑わしいトロイの木馬を検知しました。Path/Paht/Path/

なにー！トロイの木馬認定されてる・・・！
そしてしばらく経過後、

次の脅威のため隔離されました。

あー、隔離されちゃって。だから差分が出ちゃってたのか。modifiedとか、時々出ていた PermissionDeny 系は、きっと隔離する前に保護されてたのね。
納得。
ちなみに、問題のファイルの中身を検証したところ、filetypeやサイズに異常なところはなく、
dynamo-localをwgetで取ってくるだけの簡単な一文が引っかかっていた様子。
どこかのトロイの木馬系ウィルスとパターンがマッチしちゃったのでしょうか・・・。

気を取り直して、以下対策。

対象のファイルを確認、問題のないファイルであることをしっかりチェック
再度 $ git reset --hard origin/master を実施、ウィルスを検知されたら素早く対策ソフトを確認して「無視」などの措置を実施
ウィルス対策ソフトの環境設定で、対象のファイルをスキャンの「除外リスト」に追加

※ 2,3 は一旦ウィルスソフトを停止させて実施しても良い

ちなみにウィルスソフトはカスペルスキーでした。

教訓：いつもなんやかんや言ってくるウィルスソフト、空気のような存在になっちゃいがちだけど、たまにはなんて言ってるか確認しよう。