カスタム投稿の一覧（archive-xxx（カスタム投稿タイプ名）.php）で、サブループのposts_per_pageで1ページの表示件数を設定すると、表示件数には問題ないけど、ページネーションの2ページ目以降が404になってしまう事がある。
条件は
管理画面＞表示設定＞1ページに表示する最大投稿数 が、posts_per_pageより大きい場合。
カスタム投稿ごとに、functions.phpにposts_per_pageを書く。
そして、archive-xxx.phpにはposts_per_pageを書かない。
やろうと思えばfunctions.phpにまとめて書けそうな気がするが、とりあえずこれで解決。