サービス停止が前提ですが、簡単に実施できます。
再インストール等も必要ありません。
サービスの停止
Web Server を停止します。
systemctl stop httpd
データの移行
移行元：/var/www/owncloud/data
移行先：/var/owncloud-data
rsync -avh /var/www/owncloud/data/ /var/owncloud-data/
コンフィグファイルの変更
これは必須ではありませんが、OwnCloudをアップデートした際のデグレを防ぐ為に実施します。
vim /var/www/owncloud/config/config.php
datadirectory の値を変更
'datadirectory' => '/var/owncloud-data',
DBのダンプ
mysqldump -u <dbuser> -p<dbpassword> -h <dbhost> <dbname> > owncloud_data.sql
cp owncloud_data.sql owncloud_data-new.sql
SQL文の修正
sed -i -e 's/\/var\/www\/owncloud\/data/\/var\/owncloud\-data/g' owncloud_data-new.sql
DB変更
mysql -u <dbuser> -p<dbpassword> -h <dbhost> <dbname> < owncloud_data-new.sql
サービスの起動
systemctl start httpd
以上です。