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@kukulkan

R エラーノート

More than 1 year has passed since last update.

Rのプログラムを実行しようとして起きたエラーをここに記します。

1. rJava packgeが読み込めない

エラーメッセージ

> library(rJava)
Error: package or namespace load failed for rJava:
 .onLoad failed in loadNamespace() for 'rJava', details:
  call: dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...)
  error: unable to load shared object '/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.4/Resources/library/rJava/libs/rJava.so':
  dlopen(/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.4/Resources/library/rJava/libs/rJava.so, 6): Library not loaded: @rpath/libjvm.dylib
  Referenced from: /Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.4/Resources/library/rJava/libs/rJava.so
  Reason: image not found

解決法

このエラーはjavaのアップデートをした後にRとjavaの設定が噛み合わないために起こるエラーのようです。
以下のコマンドを実行することで再設定を行います。

sudo R CMD javareconf

参考リンク

2.detachが動かない

detach("name")

上のようなコードを実行しようとした結果、下のようなエラーが起きて止まることがあります。

エラーメッセージ

Error in detach("name") : invalid name argument

解決法

このエラーは複数のバージョンのpackageが一度にロードされたときに起こるエラーのようです。
deatchの代わりに以下の関数を設定、実行することで対処します。

detach_package <- function(pkg, character.only = FALSE)
{
  if(!character.only)
  {
    pkg <- deparse(substitute(pkg))
  }
  search_item <- paste("package", pkg, sep = ":")
  while(search_item %in% search())
  {
    detach(search_item, unload = TRUE, character.only = TRUE)
  }
}
# 使い方1
detach_package(vegan)
# 使い方2
detach_package("vegan", TRUE)

参考リンク

3.packageがインストールできない

R 3.5.0未満のRでかかれたコードにある biocLite.RによるpackageインストールはR 3.5.0以降で実行すると失敗する。

source("https://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite("gpls")

解決法

R 3.5.0以降に対応したコードに変更することで対応します。

install.packages("BiocManager", repos = "http://cran.mirror.garr.it/mirrors/CRAN/")
BiocManager::install("gpls")

参考リンク

https://bioconductor.org/install/
https://qiita.com/manabuishiirb/items/88fb9d5207e6802da4b7

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