要するに

以下の環境ならこのトラブルに遭遇する可能性が高い。

Zshを使っている
Vimを使っている
nodejs (or nvm等のnodejsバージョン管理ツール) のPATH解決を.zshrcでやってる

原因

Vimは.zshrcに書いているPATHは見ない、.zshenvのを見る。

解決策

もしnoodejsやnodejsのバージョン管理ツール用のPATHを.zshrcに書いているなら、
その記述を.zshenvというファイルを作ってそっちに書いてあげればいい。
そうするとVimから見たPATHがzsh側で定義するPATHと一致するため、jslintやeslint、flowtypeなど諸々のコマンドが動くようになる。

経緯

Zsh + Vim + Syntastic

普段Zsh&Vimで開発しており、最近ES6をよく使うようになったのでJavascript系のvim-pluginをいくつか入れてみた。
Syntax Highlightingなどは問題なく使えたのだが、SyntaxCheck用にと入れたeslintがどうもうまく動かない、というかVimが認識しない。
CheckerにはおなじみのSyntasticを使っていたので、ググって出てきたIssueやブログ記事を参考にあれこれやってみるものの、うまくいかず。

ググって以下のページなどを参考にいろいろ試してみたが…。

設定をいじりつつSyntasticInfoで確認しても以下のような有様。

Syntastic: active mode enabled
Syntastic info for filetype: javascript
Available checker(s): -
Currently enabled checker(s): -

Syntasticの設定とかもいろいろいじくってみたが何も変わらずじまい。
例えば以下のような記述。

let s:eslint_path = system('PATH=$(npm bin):$PATH && which eslint')
let b:syntastic_javascript_eslint_exec = substitute(s:eslint_path, '^\n*\s*\(.\{-}\)\n*\s*$', '\1', '')
let g:syntastic_check_on_open = 1
let g:syntastic_check_on_wq = 0
let g:syntastic_javascript_checkers = ['eslint']

※参考：ESlint is available but won't enable · Issue #1736 · scrooloose/syntastic

b:syntastic_javascript_eslint_execじゃなくてg:syntastic_javascript_eslint_exeを使うんだみたいな話もあったのでそれもやったけどダメだった。
環境変数が怪しいなのはわかったのだが、肝心の解決方法にはたどり着けず。

数日過ぎて諦めかけていたところ、再度調べてみたら見落としてたのか.zshenvを使うんだ！というstackoverflowを発見。
早速やってみたら、なんとまぁあっさり動いた。

GoやPHPなどの言語では、普通はグローバルなPATH（/usr/bin/,/usr/local/bin等）にbinaryが置かれる。vim-go経由でgofmt等がちゃんと動いたのはおそらくこれが理由。
グローバルな位置のPATHならVimも当然汲み取ってくれるだろう。
nodejsについては、私の場合は普段nodebrewなどのバージョン管理ツールを使うようにしているため、PATHの解決はreadmeに従い自分でzshrcにexportを書いていた。
これによりVimからnodejs系ツールのPATH解決ができないということになり、今回のトラブルに引っかかったというわけ。

いやはや勉強になりました。