事前設定

Thunderbirdを起動
設定（歯車アイコン）＞一般＞設定エディター（一番下のボタン）　を起動
「設定名を検索」のところに、「toolkit.legacyUserProfileCustomizations.stylesheets」を入力
下にtoolkit.legacyUserProfileCustomizations.stylesheets　false　と表示されているので、
右側の切り替えボタンを押して、trueに変更する
下記フォルダにchromeフォルダを作成する
C:\Users\xxx\AppData\Roaming\Thunderbird\Profiles\xxxxxxxx.default-release
※xxxはユーザ名
※xxxxxxxx　の部分は任意
chromeフォルダ配下に、userChrome.cssファイルを作成

以降、userChrome.cssに記述したCSSがThunderbirdに反映される。

設定例

すべての設定には、!important　をつけること

フォルダツリー関連

/* フォルダツリー関連 */
/* フォルダツリーにて未読ありのフォルダを選択した場合の未読バッチの背景色・文字色 */
#folderTree:focus-within li.selected > .container > .unread-count {
  background-color: #ffffff !important;
  color: #0000ff !important;
}

/* フォルダツリーの未読件数を表示するバッチの背景色 */
.unread > .container > .unread-count {
  background-color: #0000ff !important;
}

/* フォルダツリーの新規メッセージありのフォルダ名の文字色 */
.new-messages > .container > .name {
  color: #69C0FF !important;
}

/* フォルダツリーの未読ありのフォルダ名の文字色 */
.unread > .container > .name {
  color: #69C0FF !important;
}

メッセージ一覧関連

/* メール一覧関連 */
/* スレッドの"タグなし" "未読"の背景色と文字色 */
tr[data-properties~="untagged"][data-properties~="unread"] {
  background-color: #69C0FF !important;
  color: #ffffff !important;
}

/* スレッドの"タグなし" "未読"の「選択時」の背景色と文字色 */
tr[data-properties~="untagged"][data-properties~="unread"].selected {
  background-color: #1373D9 !important;
  color: #ffffff !important;
}

/* スレッドの"タグなし" "新規"の背景色と文字色 */
tr[data-properties~="untagged"][data-properties~="new"] {
  background-color: #69C0FF !important;
  color: #1373d9 !important;
}

/* スレッドの"タグなし" "新規"の「選択時」の背景色と文字色 */
tr[data-properties~="untagged"][data-properties~="new"].selected {
  background-color: #1373D9 !important;
  color: #ffffff !important;
}

その他要素の見つけ方

開発ツールを使用します。

ハンバーガアイコン（三みたいなやつ）＞ツール＞開発ツール
「リモートデバッグの接続許可を求められています。」のダイアログが出たら「OK」を押す
開発ツールが立ち上がるので、変更したい要素を確認しタグなどを調べる（Chromeの開発ツールと似たような操作感）