少し戸惑ったのでメモ書き程度ですが、共有します。

##今回の環境
Mac / transmit5 / VPS CentOS (userを作っている) / ssh / port指定あり
です。
※CentOSじゃなくても同じだと思います。
※(userを作っている)というのは、 VPSをする人は、ほとんどが、rootでログインすることはなく、ユーザーを作ってログインしていると思います。

##動機
さくらのVPSでCentOS7にsshでログインして操作しているのですが、データをいちいちSCPするのが面倒なので、接続も良好なtransmit5でログインしようと思ったため

##ログイン方法

transmit5を起動し、クイックコネクトでSFTPを選択し、
・自分のurl
・portを指定
・ユーザ名(VPSにログインする)
・パスワード（こちらが不要でした）
・鍵マークからmacの　.sshの秘密鍵を指定（パスフレーズも記述）

必要事項を埋めたつもりだったのですが、接続できませんでした。

ちょっと考えてみると？
普段terminalで、sshするときは

ssh -p [port] [user]@[url]

そのあと

秘密鍵公開鍵のあらかじめ決めておいたパスフレーズ

なので、パスワードはいりませんでした！

これで接続しようとするとパスフレーズを求められたので、入力すると無事にログインできました。

ということで、VPSのユーザーパスワードは不要ということです。