少し戸惑ったのでメモ書き程度ですが、共有します。
今回の環境
Mac / transmit5 / VPS CentOS (userを作っている) / ssh / port指定あり
です。
※CentOSじゃなくても同じだと思います。
※(userを作っている)というのは、 VPSをする人は、ほとんどが、rootでログインすることはなく、ユーザーを作ってログインしていると思います。
動機
さくらのVPSでCentOS7にsshでログインして操作しているのですが、データをいちいちSCPするのが面倒なので、接続も良好なtransmit5でログインしようと思ったため
ログイン方法
transmit5を起動し、クイックコネクトでSFTPを選択し、
・自分のurl
・portを指定
・ユーザ名(VPSにログインする)
・パスワード（こちらが不要でした）
・鍵マークからmacの .sshの秘密鍵を指定（パスフレーズも記述）
必要事項を埋めたつもりだったのですが、接続できませんでした。
ちょっと考えてみると？
普段terminalで、sshするときは
ssh -p [port] [user]@[url]
そのあと
秘密鍵公開鍵のあらかじめ決めておいたパスフレーズ
なので、パスワードはいりませんでした！
これで接続しようとするとパスフレーズを求められたので、入力すると無事にログインできました。
ということで、VPSのユーザーパスワードは不要ということです。