Deno でファイルアップロードを受け取るには、Request object の formData メソッドを使います。

Deno.serve(async (req) => {
  const data = await req.formData();
  const file = data.get("file");
  const bytes = await new Response(file).arrayBuffer();
  const size = bytes.byteLength;
  console.log("Received file", file.name);
  console.log("byte size =", size);
  return Response.json({ filename: file.name, size });
});

await req.formData() で Web 標準 API の FormData オブジェクトが取得出来ます。

data.get("file") 呼び出しで、File object が取得出来ます (この File も Web 標準 API の File になっています)。

await new Response(file).arrayBuffer() で File の中身を取り出しています。このバイト列 (Uint8Array型) がファイルの内容になっているので、これを使って、保存するなり加工するなり必要な処理を実装する事が出来ます。

上のサーバーを立ち上げた状態で、以下のような curl コマンドで挙動を確認する事が出来ます(file.pdf というファイルがカレントディレクトリにある想定です)。

$ curl -i http://localhost:8000 -F "file=@file.pdf"
HTTP/1.1 100 Continue

HTTP/1.1 200 OK
content-type: application/json
vary: Accept-Encoding
content-length: 37
date: Sat, 01 Oct 2022 11:22:15 GMT

{"filename":"file.pdf","size":375676}