バーチャルボックスにてubuntuを起動させましてさあやるぞ！と思った矢先の出来事です。
同じようなことが起きてる人がいたので解決にそこまで時間がかかりませんでした。
参考にした記事
Ubuntuでデスクトップにhomeのファイルが表示されてしまうときの対処法。
環境
ubuntu18.04
やったこと
デフォルトで「デスクトップ」という日本語のフォルダ名だったので、この方法は恐らくいいやり方ではないかもしれないが
$mv デスクトップ desktop
でフォルダ名を変更し、再起動したところ
上の画像のような状況になり、ホームディレクトリ直下のディレクトリたちが出てきている状況でした
改善方法
参考にした記事通り、
$cd .config
~/.config$vim user-dirs.dirs
でuser-dirs.dirsファイルをvimエディタで開き、
XDG_DESKTOP_DIR="&HOME/desktop"
に変更し、再起動したら元に戻りました。
このファイルの詳細がわかる方が居たらぜひ教えてほしいです。