複数人で作業しているとき、自分以外の誰かがremoteブランチを削除したのが自分のローカル環境に反映されないことがあると思うんですが、下のコマンドを実行してやればキレイにできます。
# remoteブランチを単純参照
git remote show origin
# remoteブランチでは削除されているが、ローカルに参照が残っているブランチを表示
git remote prune --dry-run origin
# すでに削除されているremoteブランチのローカル参照を削除してきれいにする
git remote prune origin