事象

同じディレクトリDに

D
┠ __init__.py
┠ M1.py
┗ M2.py

の3ファイルがあるとしましょう。
それぞれが以下のスクリプト記述がされているとします。

__init__.py

from D.M1 import f1
from D.M2 import f2

M1.py

from D import f2

def f1():
    print("f1")
    f2()

M2.py

def f2():
    print("f2")

ここで、外からD.M1をimportするとcircular importエラーが発生します。

原因

M1とM2モジュールは、M1→M2の一方通行依存関係なので、機能的には循環参照にはなっていません。

しかし、

M1.py

from D import f2

の部分で、M1は__init__.pyをimportしています。
そして、__init__.pyがM1.pyをimportしているため、綺麗にcircular importになるわけです。

同じディレクトリのモジュールを参照するときは、丁寧にそのファイルを指定してモジュールを呼びましょう

このように修正します。

M1.py

-from D import f2
+from D.M2 import f2

def f1():
    print("f1")
    f2()

また、モジュールに依存関係があるときは、同じディレクトリに配置するのではなく、ディレクトリを作って下位モジュールであると明示するのがモジュール設計的には綺麗だと思います。