はじめに
Flutterで新しくプロジェクトを作成してからFirebaseに接続してビルドすると、大体CocoaPods周りでエラーが。
CocoaPods did not set the base configuration of your project because your project already has a custom config set. In order for CocoaPods integration to work at all, please either set the base configurations of the target `Runner` to `Target Support Files/Pods-Runner/Pods-Runner.profile.xcconfig`
毎回忘れて調べてしまうのでここに記録したいと思います！！！
Release.xcconfigを編集
/ios/Flutter/Release.xcconfigに👇を追加
#include "Target Support Files/Pods-Runner/Pods-Runner.profile.xcconfig"
FlutterはCocoaPodとは別に.xcconfigファイルを独自に所有しており、デフォルトの状態だとCocoaPodで変更した内容が反映されないため、それができるように該当のファイルにコードを追記する。
https://qiita.com/kokikudo/items/ddc6552df4fb71328a99
これでpod installすると正常に終わりビルドもできるようになりました！！
毎度のことなんで手順に追加しときましょう！
追記
could not find included file 'Target Support Files/Pods-Runner/Pods-Runner.profile.xcconfig' in search paths
Xcodeでのビルド時にこう言ったエラーが発生する場合があります。。。
その場合は
#include "Pods/Target Support Files/Pods-Runner/Pods-Runner.profile.xcconfig"
のようにPods/Target Support Files/にしてあげると解消しました！！！