タイトルの通り。
samtoolsやbcftoolsはリモートのファイルでも開ける。
samtools flagstat https://raw.githubusercontent.com/kojix2/ruby-htslib/develop/test/fixtures/moo.sam
bcftools view -H https://raw.githubusercontent.com/kojix2/ruby-htslib/develop/test/fixtures/test.vcf
以上。
…短すぎるので、背景を少しだけ書く。
htslibのソースコードを読んでいると、インデックスを読み込むときにリモートファイルをローカルにコピーするみたいな表現が出てくるのが気になった。htslibのGithubのリポジトリを検索していたら次のissueがあってリモートのファイルが開けることがわかりました。
この記事は以上です。