はじめに

Singularityとは、DockerのようなLinux向けコンテナである。

主にHPC（High performance computing）界隈で使われている。
GitHubのスター数は2024年5月29日時点で677とそこまで多くないが、Qiitaにも60以上の記事があり、使われている場所では使われているソフトウェアのようだ。

なお、しばしばAIの文脈で技術的特異点という意味で使われるシンギュラリティーとは直接関係なさそうである。

管理者権限がない環境で、しかしDockerを実行したいというようなケースでSingularityを使えば動作する場合があるのでここにメモをする。

conda-forgeでのインストール

Dockerは管理者権限がないとインストールできないが、Singularityは管理者権限がなくてもインストールできる。とされるが、実際には難しい。依存するライブラリをAPTでインストールしたりする際に結局管理者権限が必要になったりする。

しかし conda-forge が singularity のパッケージを提供している。これを利用すると何も準備しなくともSingularityがインストールできた。

conda install conda-forge::singularity

インストールしたら、正しく起動できるか確認してみよう。

singularity run shub://GodloveD/lolcow
# singularity --debug run shub://GodloveD/lolcow

次のような画面が表示されたら成功である。

なお、2024年5月29日時点でこの方法でインストールできるSinglarityのバージョンは、

singularity --version
# singularity version 3.8.6

とかなり古いことには注意が必要である。

Dockerの有名なhello-worldを実行する

singularity run docker://hello-world

例としてGATKのイメージを使ってみる

singularity pull docker://broadinstitute/gatk
singularity shell docker://broadinstitute/gatk

gatk CountReads -I input.bam

この記事は以上です。