この方法が良いかどうか知らないけど、案外ググっても他の方法ばかり出てくるのでメモ。
conda-forge に普通に pymol-open-source というパッケージがおいてある。
なので、conda-forge にみんなの知見を集めていく方がいいだろう。
（大前提として、MinicondaまたはAnacondaはすでにインストールされているものとする。）
念のため環境を新しく作って、
conda create -n pymol
conda activate pymol
インストールすれば
conda install -c conda-forge pymol-open-source
いけるはず。UbuntuやWindowsではいけました。
で、トラブルがあったら
のissueに投稿して報告。みんなが報告すれば集合知で解消されるはず。
もしも問題を発見した方がいらっしゃいましたら報告お願いします。