はじめに
sdustとは、低複雑度領域を見つけるコマンドラインツールです。
オリジナルの symmetric DUST algorithmは2006年にAleksandr Morgulisさんによって発表されました。これによりNCBIのDustMasker というツールが公開されました。Heng Liさんが、minimapおよびminimap2の一部としてsdustを公開しました。
今回、お正月の時間を使って、このツールをCrystal言語に移植してみました。
sdust.cr
作成したものはGitHubにアップロードしました。
今回はアルゴリズムについてはほとんど理解せず写経になってしまいました。
（お正月中に仕上げるためにはアルゴリズムの理解までは無理だと判断しました。