メタゲノムのk-mer カウントがしたくて,jellyfish-2.2.10 をインストールしようとしたところ,
./configure
で以下のエラーが出た.
gawk: error while loading shared libraries: libmpfr.so.4: cannot open shared object file: No such file or directory
どうやら,libmpfr.so.4 がないらしい.
$ ldd $(which awk)
linux-vdso.so.1
libreadline.so.7 => ~/.linuxbrew/lib/libreadline.so.7
libmpfr.so.4 => not found
libgmp.so.10 => ~/.linuxbrew/lib/libgmp.so.10
libdl.so.2 => ~/.linuxbrew/lib/libdl.so.2
libc.so.6 => ~/.linuxbrew/lib/libc.so.6
libncursesw.so.6 => ~/.linuxbrew/lib/libncursesw.so.6
~/.linuxbrew/lib/ld.so
たしかに,libmpfr.so.4 は not found である.
brew でmpfr パッケージをさがしたら
~/.linuxbrew/Cellar/mpfr/4.0.1/lib/libmpfr.so.6
があった.
libmpfr.so.6 はlibmpfr.so.4 を内包していると以下の記事に書いてあった.
gawk compiled against libmpfr.so.6, not libmpfr.so.4
そのため,そっちにシンボリックリンクつないであげることで解決.
$ ln -s ~/.linuxbrew/Cellar/mpfr/4.0.1/lib/libmpfr.so.6 libmpfr.so.4
これで3日間くらい悩んでました...笑