箱ひげ図と散布図の重ね合わせをつくる #RStudio

棒グラフを作成したい際に、エクセルを使って作ることもできますが、
R上で棒グラフに各データ値を重ね合わせて、よりおしゃれな図を作りたいと思いました。

◯環境
MacOS 11.6 Big Sur
RStudio Version 1.3.1093

ggplot

library(ggplot2, lib.loc = "/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.3/Resources/library")

◯数値の読み込み

d1 <- read.table(pipe("pbpaste"),header=TRUE)
d1
    Group Intensity
1  Before        12
2  Before         7
3  Before         9
4  Before        11
5  Before        14
6  Before        11
7  Before        10
8  Before        13
9  Before        11
10 Before         7
11  After         5
12  After         4
13  After         2
14  After         7
15  After         3
16  After         4
17  After         6
18  After         4
19  After         9
20  After         5

◯boxplotで箱ひげ図

p1<-ggplot(d1,aes(x=Group,y=Intensity))+geom_boxplot()

◯X軸の順序を入れ替える

levels(d1$Group)
[1] "After"  "Before"
d2<-transform(d1, Group=factor(Group,levels=c("Before","After")))
levels(d2$Group)

◯散布図を重ねる

p2<-p1+geom_point(aes(col=Group), size=5)

p3<-p1+geom_jitter(aes(col=Group), size=5,width=0.2)

◯背景とXY軸、項目ラベルの編集

p4<-p3+theme_classic()+scale_y_continuous(breaks = c(0,5,10,15),limits = c(0,15))+theme(axis.text.y = element_text(size = rel(2), family = "Helvetica", colour = "black"), axis.title.y=element_text(size = rel(2)))+theme(axis.text.x = element_text(size = rel(2), family = "Helvetica", colour = "black"), axis.title.x = element_blank())+ylab("Intensity")

◯カラーパレット読み込みとプロット色の変更

library(RColorBrewer, lib.loc = "/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.3/Resources/library")

my_color <- adjustcolor(c("grey33","blue"),alpha=0.5)
p6<-p5+scale_color_manual(values = my_color)

◯参考にしたサイト
・ggplot チートシート https://www.rstudio.com/resources/cheatsheets/
・plotのオプション https://bookdown.org/rdpeng/RProgDA/basic-plotting-with-ggplot2.html
・軸ラベルの編集 https://mukkujohn.hatenablog.com/entry/2016/10/11/220722
・X軸の順序を入れ替える https://qiita.com/kazutan/items/7840f743d642122d1219
・カラーパレットの選択 http://www.suikou.fs.a.u-tokyo.ac.jp/blog/2019/12/05/12-5-色の調整、箱ひげ図を用いて/