追記

なんで切り替えシステムがないの？とgithubの勉強会で知り合った[Matthewさん](https://github.com/matthewmccullough github)に聞いてみたところ
「gitプロトコルのほうが早いのは事実だ。でもhttpsで通信しても殆ど差がなくなってきてるからhttpsがおすすめだね。特にdotfilesのようないろんな環境で通信しなきゃいけないような状況だとhttpsがお勧めさ。」
といってくださいました。

また、「subtree mergeなんて手法もあるよ〜」と教えてくださったので、機会があれば試そうと思います。