Router定義を入れ子構造にして、サブディレクトリに当たるURLにひもづけることができます。

App.Router = Ember.Router.extend({
  root: Ember.Route.extend({
    index: Ember.Route.extend({
      route: '/',
      redirectsTo: 'calendar.index'
    }),
      
    calendar: Ember.Route.extend({
      route: '/calendar',
      
      index: Ember.Route.extend({
        route: '/'
      }), 
      
      preferences: Ember.Route.extend({
        route: '/preferences'
      })
    }),
      
    mail: Ember.Route.extend({
      route: '/mail',
      
      index: Ember.Route.extend({
        route: '/'
      }),

      preferences: Ember.Route.extend({
        route: '/preferences'
      })
    })
  }) 
});

App.initialize();

var router = App.get('router');

router.transitionTo('calendar.preferences');

// URL => www.myapp.com/calendar/preferences

router.transitionTo('mail.preferences');

// URL => www.myapp.com/mail/preferences

router.transitionTo('index');

// URL => www.myapp.com/mail

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