Source file properties are visible only to targets added in the same directory (CMakeLists.txt).

なので、add_custom_commandで指定したOUTPUTを他のディレクトリのadd_custom_targetのSOURCESに指定する事は出来ない。

例えば、次の様な構成のCMakeシステムがあったとする。

project
+-- CMakeLists.txt
|
+-- foo
| +-- CMakeLists.txt
|
+-- bar
  +-- CMakeLists.txt

project/CMakeLists.txt

add_subdirectory (foo)
add_subdirectory (bar)

project/foo/CMakeLists.txt

add_custom_command (OUTPUT a.txt COMMAND ...)

project/bar/CMakeLists.txt

add_custom_target (BAR_TARGET SOURCES ${PROJECT_BINARY_DIR}/foo/a.txt ...)

fooの中でなんらかのファイルを生成して、barでそのファイルを利用するという良くある構成だ。
add_custom_commandを用いる事で、a.txtを何度も生成しようとするのを防ぐ事ができる。
ところが、cmakeしてみると、

Cannot find source file:

    /project/build/foo/a.txt

  Tried extensions .c .C .c++ .cc .cpp .cxx .m .M .mm .h .hh .h++ .hm .hpp
  .hxx .in .txx

等と怒られる。

cmakeはadd_custom_commandによって生成されるまだ存在しないファイルを認識するが、これはadd_custom_commandを実行したディレクトリ内でしか有効では無い。
なので、barからはfoo/a.txtがadd_custom_commandによって将来的に生成されるファイルだとは認識できず、また、"foo/a.txt"がまだ存在しないので、エラーを吐く。

対処方は簡単で、fooの中に、a.txtに依存するターゲットを作ってやれば良い。

project/foo/CMakeLists.txt

add_custom_command (OUTPUT a.txt COMMAND ...)
add_custom_target (FOO_GENERATE_ATXT SOURCES a.txt)

project/bar/CMakeLists.txt

add_custom_target (BAR_TARGET DEPENDS FOO_GENERATE_ATXT ...)