こんにちは。
シェルスクリプトの自力による引数処理（解析）を作りました¹（arg_parse.sh）。テンプレートとして利用できると思います。

特徴

ショートオプション名、ロングオプション名、複合フラグ²、引数付きオプションへ対処します。
誤った使い方を検出し安全に停止します。
オプション引数解析部コード（whileループ）の簡素化、およびUSAGE/Options（= helpメッセージ）内容と良好に対応するよう努めました。
POSIX 準拠シェルで動きます。

制約条件

オプション（およびその引数）は前半へ、位置引数（主引数）は後半へ固まっている必要があります。
'' や "" を引数付きオプションの引数として与えるには、空白区切り型（例：-m ""）で指定する必要があります（シェルに認識させるためです）。
- で始まる文字列を引数付きオプションの引数として与えるには、密着型（例：-m"-xyz"）で指定する必要があります。
- で始まる文字列を位置引数として与えるには、位置引数の始まりを明示した後（--）、それ以降に指定する必要があります（例：./arg_parse.sh -- -1 -2）。

動作例

DEBUG モード

$ dash arg_parse.sh -mdog -l9 1 2 3
$ dash arg_parse.sh -m dog -l 9 1 2 3
optional arguments:
 -m: dog
 -l: 9
positional arguments: 1 2 3

ロングオプション名で動かした例

$ dash arg_parse.sh --mammal cat --loops 9 I II III
$ dash arg_parse.sh --mammal=cat --loops=9 I II III
optional arguments:
 -m: cat
 -l: 9
positional arguments: I II III

誤った使い方の検出例

$ dash arg_parse.sh --loops -xy
Warning: Type "arg_parse.sh --help" for usage instructions.
- Option '--loops' requires an argument
- Unknown option: '-x'
- Unknown option: '-y'

help オプションでの動作例

$ dash arg_parse.sh --help

    Name: arg_parse.sh - parse arguments

    Usage: arg_parse.sh [options] [positinal_argument [...]]

    Options:
      -h|--help          Show this usage and exit.
      -d|--debug         Enable debug mode.
      -l|--loops N       Set the number of loops (default: 1)
      -m|--mammal NAME   Set mammal name.

Source code

説明

while ループは、位置パラメータを shift しながら、オプション引数を先頭順に取り出します。
extract_opt_value_f（内部関数）は、引数つきオプション（＋引数）から、その引数部分を取り出します（動作例では -m|--mammal などの直後の値）。
- 加えてwhileループで使うための shift 数を求めます。
他の部分はエラー処理・メッセージ出力などのためのコードです。

解析部コードを機械的に生成

USAGE/Options（helpメッセージ）の記述は、オプション引数解析部（whileループ）のコードと対応させており、率直に解析部コードを記述できています。

さらにはその記述から機械的にコードを生成できそうで、やってみました。例えば、

-h|--help 
-d|--debug  
-l|--loops N 
-m|--mammal NAME

を与えると下記が生成されます³。

while [ $# -gt 0 ]; do
  opt_token="$1"
  case "$opt_token" in
    -h|--help)      help_enabled=$TRUE;;
    -d|--debug)     debug_enabled=$TRUE;;
    -l*|--loops*)   n_loops_var=$(extract_opt_value_f -l--loops "$@");;
    -m*|--mammal*)  name_mammal_var=$(extract_opt_value_f -m--mammal "$@");;
    -[!-][!-]*)     split_combined_option_global_f "$opt_token"; shift
                    set -- "$first_flag" "$rest_flags" "$@"; continue;;
    --)             shift; break;;
    -*)             append_warning_f "Unknown option: '$opt_token'";;
    *)              break;;
  esac
  shift_additional=$?
  if [ $shift_additional -lt $EXTRACT_FAILED ]; then
    shift $shift_additional  # 0: default, 1: next arg by extract_opt_value_f
  else
    append_warning_f "Option '${opt_token%=}' requires an argument"
  fi
  shift
done

場合によっては自力ではなく、getopt, getopts, docopts の利用も良いでしょう。 ↩
例えば ls -l -t を ls -lt と表すものです。 ↩
ただし変数名を機械的に作っているのでぎこちないです。 ↩