Python
BigGorilla

BigGorilla環境の構築メモ

やったこと

BigGorilla環境の構築
FlexMatcherのサンプルを試す

わかったこと

  • anaconda入れるためだけにpyenvを使い、環境管理はcondaでやるのが最近の定石
  • (2017年7月12時点だと)環境構築がうまくいかない
    • もともと公開されているconda環境の依存関係が壊れている
      • Anaconda Cloudから直接ymlをローカルにダウンロードしてurllibを指定している行を削除し、ファイル指定でインストールすることはできる。
    • 追記: ファイルがアップデートされて、公式ドキュメントどおり入るようになった。
  • FlexMatcherのサンプルも動かなかった
    • コード読まないと動かすの難しそう

次にやること

Flexmatcherのコードを読む

環境

Mac OS X 10.11 El Capitan
homebrewはインストール済み
pyenvを使ってanacondaをインストールする

BigGorilla環境構築(以下の情報は古い。作業記録として残している)

pyenvが古かったので、アップデート
pyenv で管理しているpythonのバージョンを更新する - Qiita

anacondaをインストール

$ pyenv install anaconda3-4.2.0
$ pyenv global anaconda3-4.2.0

BigGorillaの環境作成。。できない。
2017/07/21追記: できるようになった。以下古い記録

$ conda env create biggorilla/py3gorilla
Collecting urllib==1.21.1
Downloading urllib-1.21.1.tar.gz (226kB)
100% |████████████████████████████████| 235kB 640kB/s
Complete output from command python setup.py egg_info:
Traceback (most recent call last):
File "<string>", line 1, in <module>
File "/private/var/folders/bx/k4yrl_bd3nb0v8pz7fm60t8r0000gp/T/pip-build-58rsg5li/urllib/setup.py", line 191
s.connect((base64.b64decode(rip), 017620))
                                  ^
SyntaxError: invalid token
 ----------------------------------------
Command "python setup.py egg_info" failed with error code 1 in /private/var/folders/bx/k4yrl_bd3nb0v8pz7fm60t8r0000gp/T/pip-build-58rsg5li/urllib/
CondaValueError: Value error: pip returned an error.

完全に入っていないが、試しにactivateする。
source activate Py3Gorillaだとシェルが落ちる。
pyenvを使用している場合は、condaのactivateコマンドをフルパスで指定する必要がある。
Condaの使い方メモ - Qiita
データサイエンティストを目指す人のpython環境構築 2016 - Qiita

$ conda info -e
# conda environments:
#
Py3Gorilla               /Users/kkanazaw/.pyenv/versions/anaconda3-4.2.0/envs/Py3Gorilla
root                  *  /Users/kkanazaw/.pyenv/versions/anaconda3-4.2.0

$ source /Users/kkanazaw/.pyenv/versions/anaconda3-4.2.0/envs/Py3Gorilla/activate Py3Gorilla

動作確認用のJupyter NoteBookを試してみたが、Py3Gorillaのカーネルが見つからないと言われる。

$ anaconda download biggorilla/hi_gorilla
$ jupyter notebook hi_gorilla.ipynb
---------------------------------------------------------------------------
ImportError                               Traceback (most recent call last)
<ipython-input-1-770f0b5370fe> in <module>()
----> 1 import py_stringmatching as sm
      2
      3 # This notebook imports a package that most users do not have installed
      4 # before using BigGorilla. Running the notebook successfully implies the
      5 # successful installation of BigGorilla.

ImportError: No module named 'py_stringmatching'

一旦conda env createすると、prefixが登録されているといわれてしまう。
消す場合はconda env remove -n する。

$ conda env create biggorilla/py3gorilla
Using Anaconda API: https://api.anaconda.org
CondaValueError: Value error: prefix already exists: /Users/kkanazaw/.pyenv/versions/anaconda3-4.2.0/envs/Py3Gorilla

$ conda env remove -n Py3Gorilla

Package plan for package removal in environment /Users/kkanazaw/.pyenv/versions/anaconda3-4.2.0/envs/Py3Gorilla:

The following packages will be REMOVED:

openssl:    1.0.2l-0
pip:        9.0.1-py36_1
python:     3.6.1-2
readline:   6.2-2
setuptools: 27.2.0-py36_0
sqlite:     3.13.0-0
tk:         8.5.18-0
wheel:      0.29.0-py36_0
xz:         5.2.2-1
zlib:       1.2.8-3

Proceed ([y]/n)? y

Unlinking packages ...
[      COMPLETE      ]|###############################################################################| 100%

2017/07/12時点で試したところ、この方法だと以下のエラーがでて入らなかった。
(6月にアップデートされたファイル名がおかしいせいか、古い方のymlが適用されている気がする。たぶんこれからアップデートで直ると思われる)

追記: ファイルがアップデートされて、公式ドキュメントどおり入るようになった。

$ conda env create biggorilla/py3gorilla
Collecting urllib==1.21.1
Downloading urllib-1.21.1.tar.gz (226kB)
100% |████████████████████████████████| 235kB 640kB/s
Complete output from command python setup.py egg_info:
Traceback (most recent call last):
File "<string>", line 1, in <module>
File "/private/var/folders/bx/k4yrl_bd3nb0v8pz7fm60t8r0000gp/T/pip-build-58rsg5li/urllib/setup.py", line 191
s.connect((base64.b64decode(rip), 017620))
                                  ^
SyntaxError: invalid token
 ----------------------------------------
Command "python setup.py egg_info" failed with error code 1 in /private/var/folders/bx/k4yrl_bd3nb0v8pz7fm60t8r0000gp/T/pip-build-58rsg5li/urllib/
CondaValueError: Value error: pip returned an error.

Files :: Anaconda Cloudからymlをダウンロードしてurllibを指定している行を削除すると、インストールすることはできる。
新しい方のymlも入ることは入るがflexmatcherのバージョンが古い(デグレしてる?)

# 一旦中途半端にできた環境を消す
$ conda env remove -n Py3Gorilla

# ローカルで修正したymlファイルを指定して、環境再作成
$ vim ~/Downloads/Py3Gorilla.yml //urllibの行を消す
$ conda env create --name test --file ~/Downloads/Py3Gorilla.yml

# pyenvを使用している場合は、condaのactivateコマンドをフルパスで指定する必要がある。source activate Py3Gorillaだとシェルが落ちる。
$ source /Users/kkanazaw/.pyenv/versions/anaconda3-4.2.0/envs/test/bin/activate test

# 動作確認用のnotebookを落としてきて起動
$ anaconda download biggorilla/hi_gorilla
$ jupyter notebook hi_gorilla.ipynb

FlexMatcherのサンプルを試す

次にflexmatcherのサンプルを試してみた。

サンプルのコードがついているので、ソースをコピーしてjupyter notebookに貼り付けてみる

やってみた結果、エラーで動かないことがわかった。

実行結果

---------------------------------------------------------------------------
TypeError                                 Traceback (most recent call last)
<ipython-input-5-34cd037abc3a> in <module>()
     27 mapping_list = [data1_mapping, data2_mapping]
     28 fm.create_training_data(schema_list, mapping_list)
---> 29 fm.train()
     30 
     31 # Creating a test schmea

/Users/kkanazaw/.pyenv/versions/anaconda3-4.2.0/envs/test/lib/python3.5/site-packages/flexmatcher/flexmatcher.py in train(self)
     27     The class considers panda dataframes as databases and their column names as
     28     the schema. FlexMatcher learn to do schema matching by training on
---> 29     instances of dataframes and how their columns are matched against the
     30     mediated schema.
     31 

/Users/kkanazaw/.pyenv/versions/anaconda3-4.2.0/envs/test/lib/python3.5/site-packages/flexmatcher/flexmatcher.py in <listcomp>(.0)
     27     The class considers panda dataframes as databases and their column names as
     28     the schema. FlexMatcher learn to do schema matching by training on
---> 29     instances of dataframes and how their columns are matched against the
     30     mediated schema.
     31 

/Users/kkanazaw/.pyenv/versions/anaconda3-4.2.0/envs/test/lib/python3.5/site-packages/flexmatcher/classify.py in predict_training(self, folds)

TypeError: 'float' object cannot be interpreted as an integer