状況

electron-builderデフォルトのSquirrel.Windows形式だと、スタートメニューすら作られないのでどう起動したらいいかわからなくなる。

環境

electron-squirrel-startupというパッケージを入れて、main.jsの最初の方で読み込んでやると良い。
これだけ

if(require('electron-squirrel-startup')) return;

別の方法として、NSISというパッケージ形式を使うと、デフォルトで追加してくれる。
自動アップデート機能ももっているが、NUTSサーバーは未対応なので、自前で配置してやる必要がある。

"build": {
        "target": [
                "nsis"
        ]
}

一見指定できるオプションが無いように見えるが、package.jsonのauthorが空だと発生する。
なお、electron-buildが推奨するpackage.jsonの配置だと、app側のpackage.jsonもauthorをちゃんと書いておく必要がある。

squirrel.windows - Creating Shortcuts for an Installed Electron Application - Stack Overflow