2021/10/17追記

いろいろ考え直したことがあり、新しい記事を書いた。

概要

Rを使う必要に迫られ、自分なりに環境を準備した際のメモ。以下の条件を満たす環境を目指す。

1. ローカルの環境を汚したくない
2. Rのバージョンを明確に指定可能、なおかつ適宜変更可能
3. 利用するパッケージをプロジェクトごとに管理可能（pythonにおけるvenvのイメージ）
4. 複数のプロジェクトで同じパッケージを利用する際、一度のインストールで済む

1,2は使いたいバージョンのRがインストールされたdockerイメージを準備すれば解決。3はrenvというRのパッケージをインストールするのが便利。4はdocker runの際に適切なオプションを指定する。

環境

私の環境は以下の通り。dockerを利用するので他の環境でも概ね問題ないはず。

windows 10, version 2004
Ubuntu 18.04 LTS (WSL2)
docker 19.03.8 (Docker Desktopではない)

dockerイメージの準備

以下、必要なファイルの内容について解説する¹。まずはDockerfile。

Dockerfile

FROM r-base:4.0.0
COPY ./entrypoint.sh /
COPY ./init.R /
RUN apt update && \
    apt install -y  mecab mecab-ipadic-utf8 fonts-ipafont libmecab-dev && \
    apt install -y  libcurl4-openssl-dev libssl-dev libxml2-dev && \
    Rscript /init.R && \
    chmod +x /entrypoint.sh
ENTRYPOINT ["/entrypoint.sh"]

1行目のr-base:4.0.0はRの公式dockerイメージ。別のバージョンが必要なら4.0.0の部分を変える。利用予定のRのパッケージが依存する機能はapt installでインストールしておく。

Rscriptで実行しているinit.Rの内容は以下の通り、renvをインストールするのみ。

init.R

install.packages("renv")

ENTRYPOINTで指定しているentrypoint.shの内容は以下の通り。/syncというディレクトリに移動してRを起動する。

#!/bin/bash
cd /sync
R

あとはローカルでビルドしてもいいが、私はGithubにpushしたらDockerHubで自動的にビルドされるよう設定しているのでそれを利用する。プライベートリボジトリではないので、誰でもdocker pullできる²。

dockerイメージの利用

まずはプロジェクトのフォルダに移動。dockerが使える環境なら、以下のコマンドでRが起動する。末尾のタグでRのバージョンを変えられるようそのうち準備したい（まだlatestしかない）。

docker run -it --rm -v $(pwd):/sync -v $HOME/.renv:/root/.local/share/renv dr666m1/myr:latest

-vが2つあるが、1つ目はカレントディレクトリをdockerコンテナと共有している。2つ目はインストールしたRのパッケージの保存先を、ローカルの$HOME/.renvに指定している。これを指定しておくことで、別のプロジェクトで同じパッケージを利用する際に無駄なインストールが走らない。

renvの使い方について詳しい説明はしないが、初回はrenv::init()でプロジェクトの初期化をすること。

私の使い方

エディタはneovimを使うことが多いため、neotermを起動して以下³のように利用している。右半分でコードを書き、左半分でRを起動してコードを実行している。グラフはpngなどで保存して見に行くことになるため若干手間だが、今のところ好きなエディタを使えるメリットの方が大きい。

ファイルは全てGithubにも置いておく。 ↩
とりあえずタグはlatest。Rのバージョンごとにタグを変えたら後々便利だろうとは思っている。 ↩
shellがfishだからdocker runオプションの書き方が、上に記載したものと若干異なる。 ↩