すでにGitHubで管理しているディレクトリの一部をサブモジュール化する手順

#前提条件

MainDirectory ← 最初の手順のカレントディレクトリ
.
├── SubDirectory
:
└── SubDirectoryForSubmodule ← このディレクトリをサブモジュール化する手順

#作業手順

サブモジュール化したいディレクトリ（SubDirectoryForSubmodule）をGitの管理から除外する

git rm -r --cached SubDirectoryForSubmodule

SubDirectoryForSubmoduleをGitHubにあるリポジトリと同期させる

cd SubDirectoryForSubmodule
git init
git remote add origin https://github.com/{ユーザー名}/{リポジトリ名}.git 
git fetch origin
git merge origin/master

SubDirectoryForSubmoduleのリポジトリをプッシュする

git add .
git commit -m "{コメント}" 
git push origin master

MainDirectoryのリポジトリでSubDirectoryForSubmoduleをサブモジュールとして登録する

cd ..
git submodule add https://github.com/{ユーザー名}/{リポジトリ名}.git SubDirectoryForSubmodule
git commit -m "{コメント}"
git push origin master