iOS9での画面幅取得はdocument.documentElement.clientWidthを使用するといいみたい。
iOS8以前ではwindow.innerWidthで画面幅を取得していました。
画面幅を基準にして画像などの幅を変更していた場合、初回読み込み時はいいのですが、縦→横→縦とiPhoneを回転させたときに横向きの画像幅を引き継いでしまいます。
画像の幅が画面幅（clientWidth）より大きいと、画像の幅に合わせて画面幅（innerWidth）を変えてしまうのですね。