for f in *.svg
do
inkscape --actions="file-open:$f;select-all;object-flip-vertical;export-filename:fliped-$f;export-do;"
done
どういうことか説明します．
動作説明
for f in *.svg
変数$fに，カレントディレクトリのsvgファイルを代入しつつループします．
inkscape --actions="file-open:$f;select-all;object-flip-vertical;export-filename:fliped-$f;export-do;"
InkscapeにはActionsというスクリプト的なものを実行する機能があります．--help曰く，--actions=ACTION(:ARG)[;ACTION(:ARG)]*の形で指定します．つまり，
[命令]:[引数];[命令2]:[引数];...
の形です．引数に指定できるものはヘルプで見つからなかったのでカンで頑張って探しました．
file-open:[FILE_NAME];
ファイルを開きます．
select-all;
画像を全選択します（GUIの操作をコマンドラインでやるイメージ）．
object-flip-vertical;
先ほど選んだ範囲を垂直反転します．
export-filename:fliped-$f;export-do;
出力ファイル名を設定したあとにエクスポートします．
完成！