OS：Windows10
C:\Program Files にあるファイルを秀丸で編集・保存した。
何となくメモ帳で開いたところ、編集前と変わってない。
「えっ？」と思い、秀丸で開くと、ちゃんと編集されている。
色々調べてみるとVirtualStoreというWindowsの仕様。
秀丸はこのVirtualStoreがデフォルトで有効になっているので、Program Files配下のファイルを編集しても、実際は
%LocalAppData%\VirtualStore
配下のファイルを編集している事になる。
sakuraやメモ帳でProgram Files配下のファイルを開くと、VirtualStoreフォルダは参照しないので、問題なし。
プログラマのかたは特にお気を付けください。。
因みに C:\Windows フォルダでも同じ動きをします。