意外と参考になるとこがなかったんで書く。

ドキュメント
 API リファレンス
 テストカード
 ライブラリ

WordPress使ってるので適宜かえてもらえば

controller.php


get_template_part('lib/payjp-php/init');
\Payjp\Payjp::setApiKey( SECRET_KEY );

$customer_id;//pay.jpにおける顧客ID

try {
  if ( empty($customer_id) ) {//初回
    $customer = \Payjp\Customer::create([//顧客登録
      'card' => $form['payjp-token'],
      'description' => 'メモなど'
    ]);
  }

  $charge = \Payjp\Charge::create([//課金処理
    'customer' => $customer_id,
    'amount'=> $form['amount'],
    'description' => '注文IDなど',
    'currency' => 'jpy'
  ]);

  if ( isset($charge['error']) ) {
    $this->errors[] = $charge['error']['message'];
  )

} catch (\Payjp\Error\Card $e) {
  $body = $e->getJsonBody();
  $this->errors[] = "ステータス: {$e->getHttpStatus()}";
  $this->errors[] = "タイプ: {$err['type']}";
  $this->errors[] = "コード: {$err['code']}";
  $this->errors[] = $err['message'];

} catch (\Payjp\Error\InvalidRequest $e) {
  $this->errors[] = $e->getMessage();

} catch (\Payjp\Error\Authentication $e) {
  $this->errors[] = $e->getMessage();

} catch (\Payjp\Error\ApiConnection $e) {
  $this->errors[] = $e->getMessage();

} catch (\Payjp\Error\Base $e) {
  $this->errors[] = $e->getMessage();

} catch (Exception $e) {
  $this->errors[] = $e->getMessage();

} finally {
  if ( !empty($this->errors) ) {
  )
}

//DBでいろいろやる

view.php

<?php
$customer_id;//pay.jpにおける顧客ID
?>
<form method="post">

<input type="hidden" name="amount" value="<?php esc_attr_e($amount);?>">

<?php if ( empty($customer_id) )://初回?>
<script type="text/javascript"
      src="https://checkout.pay.jp/"
      class="payjp-button"
      data-key="<?php echo PUBLIC_KEY;?>"
      data-partial="true">
</script>
<?php else://2回目以降?>
登録済みのカードで支払う
<?php endif;?>

<button class="button">注文を確定する</button>

</form>

<script>
(function ($) {
  $('form').on('submit', function() {
    $(this).find('button').attr('disabled', 'disabled');
  });
}(jQuery));
</script>

ちなみにカートは
seikan/Cart が使いやすかった