CoreDataはiOS10でログ出力先がNSLogからos_log/stderrに変わったらしい。その影響で
-com.apple.CoreData.SQLDebug 1
を指定していてもconsoleにSQLiteのログが出力されない。
その場合は起動時引数に-com.apple.CoreData.Logging.stderr 1
を追加してやればOK。
参考
https://forums.developer.apple.com/thread/63315
↑のスレ見て、-com.apple.CoreData.Logging.stderr 1
に書き換えればいいのね、と早とちりしてしまった。正しくは書き換えるのではなく、両方指定する必要がある。