yum update 中にSSHが切れてしまい、transaction check error が発生しました。
yum update 時に already installed と言われてしまいました。
検索してみると、「32bit版と64bit版のソフトが競合しているため不要な方を削除」という方法が多かったのですが、削除しようにもsystemdやyumの依存ライブラリなどだったようで削除できず。

以下のページの方法でtransactionを綺麗にできました。
https://www.centos.org/forums/viewtopic.php?t=45845

yum-complete-transaction
package-cleanup --dupes
package-cleanup --cleandupes --removenewestdupes