originがgithubのリポジトリだとすると、
git config --add remote.origin.fetch +refs/pull/*/head:refs/remotes/origin/pr/*
でOK.
ただ、これでgit fetch --pruneとかするとすぐ削除してしまう.
これを解決するためには.git/configを弄る。
多分、以下のような部分を

[remote "origin"]
        url = hogehoge
        fetch = +refs/heads/*:refs/remotes/origin/*
        fetch = +refs/pull/*/head:refs/remotes/origin/pr/*

以下のように

[remote "origin"]
        url = hogehoge
        fetch = +refs/pull/*/head:refs/remotes/origin/pr/*
        fetch = +refs/heads/*:refs/remotes/origin/*

変更すれば、OK.
具体的にはfetchのheadsより前にpullを置けばいい。

以上を勝手にやってくれるshell scriptを書いてる人がいた!!
shell script

当然ながら、これもoriginがgithub repositoryであることを前提としてる。