PHPUnitがテスト対象としてうまく扱えるのはクラスとそのメソッドだけ。
PHPではrequired_onceやinclude_onceで外部ファイルを読み込んだ時点で、そのファイルにクラス以外のものが定義してあったら、即座にそれを実行してしまう。
だから、ソースの一行目にApacheのセッションからユーザー情報を取得して・・・みたいなソースがありそれをPHPUnitテストクラスのソースでincludeすると、直ちに上の処理が実行されてしまいテストが失敗する。
クラスファイルなら、PHPUnitテストからincludeされても実行されることはない。