古い記事とか読んでそのままやっても駄目だったんでその結果をメモ。
例ではアーカイブ中のファイルをソートしてファイル名とファイルインデックスを返し、
オンメモリ上に解凍するかんじ。

下記からライブラリをダウンロード。
https://github.com/richgel999/miniz/releases

#define MINIZ_HEADER_FILE_ONLY
#include "miniz.h"
#include "miniz_zip.h"

int zip_files(char* path, mz_zip_archive* zip_archive, char*** files, int** indexes) {
  if (access(path, F_OK) == -1) {
    fprintf(stderr,"error file not found\n");
    exit(EXIT_FAILURE);
  }

  memset(zip_archive, 0, sizeof(mz_zip_archive));
  mz_zip_reader_init_file(zip_archive, path, 0);

  int numfiles = mz_zip_reader_get_num_files(zip_archive);

  *files = (char**) malloc((numfiles + 1) * sizeof(char *));
  memset(*files, 0, numfiles + 1);

  *indexes = (int*) malloc((numfiles + 1) * sizeof(int));
  memset(*indexes, 0, (numfiles + 1) * sizeof(int));

  for (int u = 0; u < numfiles; u++) {
    char getfile[516];
    int rr = mz_zip_reader_is_file_a_directory(zip_archive, u);

    if (rr == 1) { // is directory
      continue;
    }

    int r = mz_zip_reader_get_filename(zip_archive, u, getfile, sizeof(getfile));
    int i = get_number(getfile);
    char* file = (char*)malloc((strlen(getfile) + 1) * sizeof(char));
    memset(file, 0, (strlen(getfile) + 1) * sizeof(char));

    strcpy(file, getfile);
    (*files)[i] = file;
    (*indexes)[i] = u;
  }

  return numfiles;
}


int main(int argc, char* argv[]) {
  char* path = argv[1];
  mz_zip_archive zip_archive;
  char** files = 0;
  int* indexes = 0;

  int count = zip_files(path, &zip_archive, &files, &indexes);
  for (int i = 0; i <= count; i++) {
    printf("%03d %03d %s\n", i, indexes[i], (files[i] == 0) ? "" : files[i]);
    size_t size;
    void* file_contents;
    file_contents = mz_zip_reader_extract_to_heap(&zip_archive, indexes[i], &size, 0); 
  }
}

ビルド例。

cc -Wformat -o ziplist main.c -I miniz-3.0.2/ miniz-3.0.2/*.c