Android Studio で開発していたアプリを GitHub で管理していましたが、しばらく他の執筆で放置していたらいつの間にか push/pull できなくなっていたので、発生した事象とその対策について記載します。

時間がない人のためのポイント

SSH で clone したリポジトリを push/pull しようとしたら、リモートリポジトリが見つからなくて詰む
SSH executable を Native にしたところ解決
基本 SSH じゃなくて HTTPS にしたほうが吉

環境

OS : Windows10 Pro
IDE : Android Studio 3.2.1
Git : MSYS2版Git（PATH通し済）
C:/Users/[user]/.ssh を作成済、公開鍵・秘密鍵も作成済
リモートリポジトリをSSH公開鍵認証方式でclone

発生した事象

久しぶり（1,2ヶ月くらい）にIDE上で push/pull をしたところ、下のダイアログが表示され、Yesを押しても最終的にUpdate cancelと表示されて失敗する
~/.ssh/known_hosts をCUIで再生成しても変わらない
公開鍵・秘密鍵を再生成しても変わらない
CUIでssh git@github.comは問題なく通る
ローカルリポジトリのコミットは問題なくできる

モザイク掛けてますが、GitHubのフィンガープリントなので別に隠す必要はなかったりします。

とにかく接続するために取った対策

個人ではにっちもさっちも行かなかったので、Twitterやリアルでつぶやいたところアドバイスをいただきました。これらを基に取り急ぎ対策を行いました。

URL, 引数の入力に誤りが無いか

→ [プロジェクト名]/.git/config を確認し、url = xxx.gitに誤りがないことを確認。

config

[remote "origin"]
	url = git@github.com:Hide-KC/xxx.git
	fetch = +refs/heads/*:refs/remotes/origin/*

FTP/HTTP でプロトコルが合っているか

→ SSH公開鍵認証方式なのでたぶん大丈夫。公開鍵もGitHubに登録してあることを確認。

文字コードが接続元と先で合致しているか

→ 文字コードは設定するような箇所が見つけられなかったのでたぶん大丈夫。

git.exe をフルパス指定したらどうか

→ 指定しても結果は変わらず。

SSH executable を Native にしてはどうか

（前節の黄色い枠のちょっと下の部分を、Built-inからNativeに変えてみた）
→ pullできたあああああああああ！！！！！！

というわけで、癌はこのSSH executableのBuilt-in設定でした。

SSH executable って何？

IntelliJ IDEAヘルプでは次のように説明されていました。
まずはBuilt-in。

ビルトイン：すべての権限はIDE側で実行されます。
認証にログインとパスワードを使用する場合は、選択されたパスワードポリシーに従って認証が行われます。

パスフレーズのないSSHキーを認証に使用すると、IntelliJ IDEAは ~/.ssh/config ファイルにアクセスし、そこからキーを取得します。

認証にパスフレーズ付きのSSH鍵が必要な場合、Gitは信任状ヘルパーでそれを探し、信任状ヘルパーが見つからなければ、IDEにプロンプトを返します。パスワードポリシーを設定した場合、IntelliJ IDEAはパスワードデータベース内の資格情報を探します。パスワードデータベースがない場合、プロンプトが表示され、SSHキーとパスフレーズを入力する必要があります。

そしてNative。

ネイティブ：すべての権限はGit側で実行されます。
プロンプトは表示されませんので、パスフレーズなしでSSHを使用している場合、またはパスフレーズが認証情報ヘルパーに保存されている場合、またはSSHエージェントがある場合はこの認可タイプを選択してください。

ビルトインで問題になりそうなのは、~/.ssh/config の参照あたりでしょうか。
しかし、今回のケースではconfigファイルは作ってありましたし（正確にはC:\Program Files (x86)\Git\etc\ssh\configへのハードリンクを作成していた）、ssh -vT git@github.comでもconfigを読めていたのでちゃんと参照できていたようです。

ダイアログを改めて見ると、「Do you want to add this host to known hosts database ?」と聞かれていたので、どうも known hosts データベースに登録ができなくて詰んでいる様子でした。

じゃあ known hosts データベースってどこにあるの～と思って調べていましたが、次のStackOverFlowのコメントが参考(?)になりました。

I had same issue with IDEA 13 and 14. By default, IDEA will try to create/access .ssh/known_hosts file in %HOME% directory.

However, %HOME% was not defined on my system (Windows 7 Enterprise x64). IDEA wouldn't store key; rather, it would ask for it for every operation.

When I defined %HOME% (%HOME% = %HOMEDRIVE% in my case), everything worked as advertised.

This is a confirmed bug in IDEA; it should search:
...
How to store SSH host key in IntelliJ IDEA

HOME/.sshを参照しにいくけど、WindowsではHOMEディレクトリが定義されていないから（HOMEはUNIX系OSだから当然）、known_hostsが見つからなくて詰むということみたいです¹。
確認されたバグ、と書かれていたのでここで原因調査は打ち切り。これ以上はちょっとごめんなさい。

一方、 Native にするとなぜ動くか。
公式ヘルプにもある通り、すべての権限がGit側で実行されるため、Git側でキーを探しにいったと考えられます。私の知識ではこれしか言えない。
Git/SSH完全に理解した人に降臨してほしい。

HTTPS認証に変更する

SSHの問題がとりあえず解決したあと、懲りたのでHTTPS認証に変更しました。
変更の仕方は次の2通りです。

①CUIでgit remote set-url origin https://xxxを実行する

$ cd [プロジェクトフォルダ]\.git
$ git remote set-url origin https://xxx

②IDEで設定する
VCS→Git→Remotes を選択し、URLをhttpsに変更すればOKです。

やっていることは同じなので、お好きな方でどうぞ。

まとめ

特に理由が無ければ、 HTTPS でcloneする
Windows で SSH 使う場合は、SSH executable を Native にしておく

最後に、アドバイスをいただいたpimientitoさん、meronさんに感謝申し上げます。
お読みいただきありがとうございました。

ちょっと古いので、最新環境で修正されているのかは分かりません。すみません。 ↩