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StanDay 4

Dockerを利用してrstanがすぐ使えるRStudio Serverの構築2017年版

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この記事は、Stan Advent Calendar 2017の4日目の記事です。

タイトルのまんまで、さらに言うと昨年のStan Advent Calenderの今年版です。「ぞうさんそれは手抜きすぎだろ…」と言われそうですが、1年もあればR界隈いろいろ変わります。てことでいろいろ修正しました。


Dockerの導入方法やコンテナの立て方

省略します。このあたりは昨年の記事を参照してください。使い方自体は変わってないです。変わったのは中身になります。


rstan用コンテナと特徴

あまりコンテナのリポジトリを増やしすぎるのの好みではなかったので、昨年作ったkazutan/stan-d:latestのコンテナを見直して修正しました。


rstan関連のパッケージが既に入ってる

rstanパッケージはもちろんですが,以下のパッケージがプリインストールされています:


  • ggmcmc

  • rstanarm

  • bayesplot

  • brms

  • tidybayes

多分これで基本OKだと思うのですが,もし「こういうのも追加して!」というのがありましたらお知らせください。


最新のtidyverseパッケージ群

rocker/tidyverseをベースにしているので,tidyverseなパッケージは全部入りしてます。dplyrやtidyr, ggplot2などはもちろん色々はいってます。

また,rocker/tidyverseのコンテナが更新されたならば,自動的にrebuildするようにしているので,最新のtidyverseを試してみたい方にもうってつけです。


rmarkdownやshinyなども入ってる

ドキュメンテーションに必須なrmarkdownも入ってます。またshinyや関連パッケージも組み込まれています。なので何も考えずにするっとレポーティングできます。いいですね。ただし,texは組み込んでいないのでpdf出力は使えません。あしからず。


RStudio Server v1.1が使える

最新の安定版が自動的に使えます。またServer版なので,Windows/Linuxのデスクトップ版で問題になっていたViewerの弱さが改善されています。つまりtubeplayRが使えます。快適ですね。


日本語対応済

日本語用フォントをインストールして,言語やタイムゾーンも設定してます。


分析環境を仮想化していこう

これからは環境を仮想化し,再現性の高めていくのが望ましいと思います。またこのようなコンテナを使えばあっという間にRとStanの環境を構築できます。ぜひ活用してみてください。

Enjoy!