QGISでの処理を自動化できるのは知ってるけどpythonも初心者だし、いろいろ調べてます。
そこでグラフィカルモデラーというArcGISのモデルビルダーと同じような機能があって、それを使って設計したらそのままpythonスクリプトに書き出せたのでそれを記録しときます。
GISも多少は使ったことある程度の知識は必要なんだろうなとは思います。
あとMacでやってますのでwindowsとは動作が違うかもです。

グラフィカルモデラーはここ
こんなウィンドウが立ち上がります。（モデルデザイナー）
モデル作成

今回は静岡県全域の災害危険箇所データを掛川市の範囲のメッシュデータでクリップします。
- まずはインプットデータをつくります。左側の入力モデル一覧から「ベクタレイヤ」をダブルクリック。
- 説明の欄にはわかるように名前を記載。ジオメトリタイプはなくてもいいようですが、今回はポリゴンなので選択して「ok」。
- 画面にインプットのモデルができますので、もう一つ作ります。モデルの場所は自由に移動できます。
- データの座標系を合わせる処理をします。(インプットデータによってはなくてもいけます。）左上のタブを「アルゴリズム」に変えて検索ボックスに「再投影」を入力して結果の中から「レイヤの再投影」をダブルクリックします。
- 説明文はデフォルトのままだとどの処理かわからなくなるのでわかるように変更します。次に入力レイヤの左側のボタンをモデル入力に変更してどのレイヤの処理を行うか選択します。
  
  次に「ラスタのCRS」（ベクタなのに）を選択します。今回は「EPSG:4326」（緯度経度）を選択します。プルダウンになければ右側のボタンから検索してください。
  
  「再投影したラスタタイル」は今回は指定しなくて大丈夫です。（最終アウトプットが欲しい場合はここに名前を入れます。
- モデルが作られるのでもう一つ危険災害箇所の再投影も作ります。
- この再投影された２つのデータを使ってクリップ処理を行います。
  アルゴリズムの検索からclipと検索して「きりぬく（clip）」をダブルクリックします。
- 説明文を書いたら入力レイヤの左側のボタンを「アルゴリズム出力の利用」を選択して危険災害箇所レイヤの再投影を選択します。（切られるデータの方）
  次に同じように出力レイヤも「アルゴリズム出力の利用」を選択してmeshレイヤの再投影を選択します。（切るデータの方）
  今回はこの処理で終わりますので「切り抜き結果」名前を入れてください。
- すると最後まで処理がつながりました。
- 最後にツールバーの緑の三角（再生ボタン）をクリックします。
- 入力レイヤと出力レイヤを選択して実行をクリックします。
- きちんと処理できたようです。
- ツールバーの「スクリプトアルゴリズムとして出力」ボタンをおします。
- pythonスクリプトに変換できました。
  まだこのスクリプトを使っていろいろな処理ができるほどの知識はありませんが、モデルデザイナーだけでも処理を記録しておくことができるのでべんりですよね。