Xubuntu 14.04 を再起動したら、デスクトップにアイコンが表示されず、右クリックもできず、壁紙も設定したものではなくデフォルトのものから変更できなくなっていました（設定しても反映されない）。
最初は、設定 > デスクトップ > メニュー でデスクトップにアイコンを表示しない設定にしてしまったのかと思いましたが、そういうわけでもないようです。再起動しても直らず、おそらくデスクトップの機能を提供するサービスが立ち上がってなさそうです。
解決策としては、 terminal で
$ xfdesktop
でデスクトップが復活します。