例えば、masterブランチからbranch_aというブランチにdirectory_1というディレクトリをコピーあるいは上書きしたいとする。
対象のディレクトリに移動
まず、
git checkout branch_a
をしてbranch_aに移動する。
コピーあるいは上書きしたいディレクトリ/ファイルがあるディレクトリに移動する
そしてdirectory_1があるディレクトリに移動する。
directory_1が/home/user/にある場合には、
cd /home/user
とすればdirectory_1があるディレクトリに移動できる。
git checkoutをする
最後に
git checkout master -- directory_1
をすると、masterブランチからbranch_aにdirectory_1をコピー（すでに同じ名前のディレクトリが存在する場合は上書き）することができる。