MacのOSをクリーンインストールする際に Cyberduckのブックマーク(接続先)をバックアップし、復元した際の覚書です。

環境

バックアップするファイルのディレクトリ

/Users/username/Library/Group Containers/xxx.duck/Library/Application Support/duck/BookMarks/

xxx.duckのxxx部分は環境によって異なります

説明するまでもないですが、上記ディレクトリのBookMarksに保存した接続先の設定ファイルが接続先の数だけ保存されています。
OSのクリーンインストール等でアプリを再インストールする際にバックアップしておいたファイルを元のディレクトリに戻してあげる事でブックマークを復元できます。

/Users/username/Libraly/ ディレクトリは不可視ディレクトリになっていますのでcmd + shift + . で不可視ファイルを表示させる
Finder等で /Users/username/Library/Group Containers/xxx.duck/Library/Application Support/duck/BookMarks/の中身をコピーし、ブックマークをバックアップする
ブックマークを復元したい環境でバックアップしておいたBookmarks/の中身を復元先の同じディレクトリに移動する
Cyberduckを起動するとブックマークが復元されます

Bookmarksを編集する際は、Cyberduckは終了しておいた方がいいかもしれません

私はこの方法で復元できましたが、環境によって多少異なる場合がありますのであくまで自己責任でお願いします。