ASP.NET Identityで自前のIUserStoreを実装する方法です。

まず、IUserを実装します。
Idが取得できて、UserNameが取得・設定できればそれでOKです。

public class MyUser : IUser
{
    public string Id { get; private set; }
    public string UserName { get; set; }
    public MyUser(string id, string userName)
    {
        Id = id;
        UserName = userName;
    }
}

次にIUserStoreを実装します。
CreateAsync、DeleteAsync、などIUser実装クラスのCRUD処理を実装します。
例ではメモリ内のListに格納するようにします。

public class MyUserStore : IUserStore<MyUser>
{
    private List<MyUser> _storedUsers = new List<MyUser>();

    public Task CreateAsync(MyUser user)
    {
        _storedUsers.Add(user);
        return Task.FromResult(0);
    }

    public Task DeleteAsync(MyUser user)
    {
        _storedUsers.Remove(user);
        return Task.FromResult(0);
    }

    public Task<MyUser> FindByIdAsync(string userId)
    {
        var ret = _storedUsers.Where(u => u.Id == userId).SingleOrDefault();
        return Task.FromResult(ret);
    }

    public Task<MyUser> FindByNameAsync(string userName)
    {
        var ret = _storedUsers.Where(u => u.UserName == userName).SingleOrDefault();
        return Task.FromResult(ret);
    }

    public Task UpdateAsync(MyUser user)
    {
        var index = _storedUsers.IndexOf(user);
        if (index < 0)
        {
            throw new ArgumentException("指定されたユーザーは登録されていません。");
        }
        _storedUsers[index] = user;
        return Task.FromResult(0);
    }

    public void Dispose()
    {
        // do nothing
    }
}

これで最低限の機能は実装しました。

さらにパスワードの保存、ロールの設定、外部サービスによるログイン対応などに対応するには
IUserPasswordStore<>、IUserRoleStore<>、IUserLoginStore<>などを必要に応じて実装します。
実装についてはMyUserに対応する情報が持てるようプロパティ・メソッドを増やして、
各インタフェースのメソッド内で格納・削除・更新・取得できるようにするだけなので割愛します。

public class MyUserStore : IUserStore<MyUser>,
    IUserPasswordStore<MyUser>, IUserRoleStore<MyUser>,
    IUserLoginStore<MyUser>
{
    /// 省略

あとは UserManager = new UserManager<MyUser>(new MyUserStore()); として、UserManagerをかぶせて使用します。
UserManagerの使用例はASP.NETプロジェクトを作ってAccountControllerを見てください。

この例ではメモリ内のListにデータを保持しましたが、
データベースなりファイルなり他のデータソースに保存するUserStoreも簡単に実装できます。