PyGMTの導入

PythonでGMTがつかえるらしいので入れてみる。
https://www.pygmt.org/dev/install.html

仮想環境の構築

conda create -n pygmt python=3.8.2
conda activate pygmt
conda install pip numpy pandas xarray netcdf4 packaging gmt
conda install pygmt -c conda-forge
conda install ipython jupyter jupyterlab -c conda-forge

サンプルテスト

チュートリアルにしたがってすすめる。

conda install pytest pytest-mpl ipython

pythonを起動して、

import pygmt
pygmt.show_versions()
pygmt.test()

返ってきたメッセージ

============================== 53 failed, 212 passed, 1 skipped, 353 warnings in 83.38s (0:01:23) ==============================
Traceback (most recent call last):
  File "<stdin>", line 1, in <module>
  File "/home/kanon/local/anaconda3/envs/pygmt/lib/python3.8/site-packages/pygmt/__init__.py", line 187, in test
    assert status == 0, "Some tests have failed."
AssertionError: Some tests have failed.

けっこう失敗している気がするけど、これでいいのか？
GMT5も入れているので、チュートリアルにある通りGMT_LIBRARY_PATHも設定してみたが、failedの数は変わらなかった。

とりあえず地図！

チュートリアル通りに、絵を描いてみた。

import pygmt

fig = pygmt.Figure()

fig.basemap(region=[-90,-70,0,20], projection="M8i", frame=True)

fig.coast(shorelines=True)

fig.show()

fig.savefig("test_pygmt.png")

うまくかけました！
ただし、JupyterLabがDark modeだとなにも見えない・・・oh