そういう時ってどうすればいいのかよくわからないので、少し検索した感じをメモします。
1. チェックする本体をソース管理して、そこへ symbolic link 貼る
2. チェックする本体をソース管理して、それを呼び出すだけにする
http://labs.gree.jp/blog/2011/03/2885/#hs_5b7584fe8cb2795509a54288bb30c797_header_8 とか
それの派生で
こういうツールもあるみたい。
git_hooks/ の中に hook script 入れてソース管理して、
git hooks --installすると、実態はそっちを呼び出すだけになる