Lightning コミュニティのファビコン作成の詳細方法について、下記の公式ヘルプに書かれてます。
-- Salesforce Help --
下記二つの方法でLightning コミュニティのファビコンを作成してみます。
###①静的リソースの使用でファビコンの作成
次の手順に従ってファビコンをコミュニティに追加します。
１．ファビコン (公開キャッシュコントロール) を静的リソースとして組織に追加します。
※静的リソースの名前はこの後のステップで特に使用されません。
２．[エクスペリエンスワークスペース] | [管理] | [ページ] | Force.com に移動します。
３．[編集] をクリックしてファビコン静的リソースを [サイトのお気に入りアイコン] に追加して保存します。
４．コミュニティビルダーで、[設定] | [詳細] | [ヘッドマークアップを編集] に移動します。
５．次のコードを追加します: <link rel="shortcut icon" href="<SITE>/favicon.ico?v=2"/>
<SITE>はコミュニティの URL です。たとえば、[設定] | [すべてのコミュニティ] で設定されている URL 値です。
【注意】：「favicon.ico?v=2」そのまま使ってください。（変更しないこと）
これで自動的に静的リソースのファビコン画像を参照できるようになります。
６．保存します。
７．Community Builder でコミュニティを公開します。
###②コミュニティのアセットの使用でファビコンの作成
１．下記通り、Site.com Studioを開いて、ファビコン画像をコミュニティのアセットフォルダに追加します。
・[エクスペリエンスワークスペース] | [管理] | [ページ] | Site.com Studio
・[アセット] | インポートでファビコン画像をインポートします。
・ファビコンファイルパスをメモして、「変更を公開..」ボタンで変更公開します。
【注意】： ファビコンファイルパスは後ろのステップで使用されます。
２．コミュニティビルダーで、[設定] | [詳細] | [ヘッドマークアップを編集] に移動します。
３．次のコードを追加します:
<link rel="shortcut icon" href="/mycommunity/s/myfavicon.ico"/>
【注意】： 上記hrefに相対パス「/ + <community path> + /s + 前のファビコンファイルパス」を設定します（/s/を忘れず）。
４．保存します。
５．Community Builder でコミュニティを公開します。