これずーっと放置してたんですが、一旦回避だけする手が分かったのでメモです。

私の.emacs/init.elの中身は現状こんな感じになってまして

(when (locate-library "cask")
  (require 'cask)
  (require 'cask "~/.cask/cask.el")
  )

(cask-initialize)
(require 'pallet)

(require 'init-loader)
(setq init-loader-show-log-after-init nil)
(init-loader-load "~/.emacs.d/conf")

(load "init-common")
(load "init-elscreen")
(load "init-anything")
(load "init-webmode")
(load "init-sql-indent")
(load "init-ext")
(load "init-js3")
(load "init-webmode")
(load "init-linum")
(load "init-maxframe")
(load "init-auto-complete")
(load "init-csharpmode")
(load "init-omnisharp")

で、これで起動しますと、以下のようなワーニングがベロベロ出てくるんですよね。
起動時だけじゃなくて、ウィンドウ操作する度にも出てきて、かなり煩わしいです。

Warning (initialization): Your `load-path' seems to contain
your `.emacs.d' directory: ~/.emacs.d
This is likely to cause problems...
Consider using a subdirectory instead, e.g.: /Users/kakikubo/.emacs.d/lisp

根本的な解決策ではない(※末尾のコメント欄にて根本的な解決方法あります)のですが、次のような設定をくわえておく事でこれを回避する事ができます。

;; shut up, emacs!
'(setq display-warning-minimum-level :error))

本来的には別の解があるようなんですが、サブディレクトリをきったところでワーニングは出続けてしまいますし、とりあえずこれでしばらく凌ぐ事にしようかなと。