2013/05/28 追記
なぜかエラーが出るのでコードを追ってみたら、どうやら該当箇所はまだ呼ばれないらしい。
何気にRails 4.0.0 (unreleased) とも書いてあった。
テストコードを参考に、config/initializersに適当なファイルを作成、その中で

ActiveRecord::Base.connection.initialize_schema_migrations_table

と書いてやると、utf8mb4チェックが走った。
本リリースには乗ってほしいな。

以下本文

iOSの絵文字をMySQLで扱うためには、utf8mb4設定をしなければならない。
Rails、MySQL環境でutf8mb4を利用するためには、文字コードの設定だけでなく、
http://qiita.com/items/7ac0c32c5264eac2b8bb
のような対応が必要だった。

Rails4 rc1がリリースされたことを知り、色々触っていたらこの件について対応がされているのを見つけた。
該当コミットはこちら
https://github.com/rails/rails/commit/8744632fb5649cf26cdcd1518a3554ece95a401b

文字コードがutf8mb4の場合、デフォルトで作成されるユニークインデックスはlimitオプションが自動的に設定される。
なので、lib/active_record/schema_migration.rbの中身を書き換えたりしなくても良い。
ただし、自前で作成するユニークインデックスは自動でlimitが設定されないので、

20130525000000_add_index_to_users.rb

add_index :users, :email, unique: true, length: { email: 191 }

のように指定してやる必要はある。